Ved hjælp af skibsmodeller, malerier, fotografier, tekstplancher og maritime genstande fortælles om Øresundstold og Englænderkrige, handel på Kina og de gamle danske kolonier i Indien. Om slavefart på Afrika, om plantagedrift og Dansk Vestindien frem til salget i 1916.

Sømandens liv er beskrevet fra Christian IV's tid gennem krig og fred frem til i dag.

Der er specialudstillinger om navigation, søkort, redningstjeneste og fyr- og vagervæsen, skibsbygning, om sejl, damp og diesel og om den frie trampfart og den bundne linjefart.

Udover den almindelige skiltning i museet er der indlagt en særlig børnerute med en række let genkendelige skilte. Her formidles sammenhænge mellem de udstillede genstande og historien bag i et klart og letforståeligt sprog.

Den faste udstilling suppleres løbende med skiftende særudstillinger om maritime og aktuelle emner.